Para que un antígeno sea reconocido por un anticuerpo, estos interactúan por complementariedad espacial. La zona donde el antígeno se une al anticuerpo recibe el nombre de epítopo o determinante antigénico, mientras que el área correspondiente de la molécula del anticuerpo es el parátopo. Si el Ag sólo tiene un determinante antigénico es univalente, si tiene más, polivalente.Los antígenos son usualmente proteínas u oligosacáridos. Esto incluye partes de bacterias (cápsula, pared celular, flagelos, fimbrias, y toxinas), de virus y otros microorganismos. Los antígenos no-microbianos exógenos (ajenos al individuo) pueden incluir polen, clara de huevo, y proteínas de tejidos y órganos trasplantados, o proteínas en la superficie de glóbulos rojos transfundidos.
Los Ag exógenos pueden ser heteroantígenos (de otra especie, como los Ag microbianos), o isoantígenos ( de la misma especie, como los de los grupos sanguíneos).
Los Ag endógenos son moléculas producidas por el propio organismo (autoinmunidad y Ag tumorales). Se llaman autoantígenos.
Un hapteno es una sustancia química de pequeño peso molecular (menos de 10.000 daltones) que no induce por sí misma la formación de anticuerpos pero al unirse a una proteína transportadora como la albúmina estimula una respuesta inmunitaria. En resumen, un hapteno es la parte de un antígeno que por sí sola no dispara la respuesta inmune, pero sí posee especificidad. Los haptenos son antigénicos pero incapaces de inducir por si mismas una reacción inmunitaria específica, es decir, carecen de inmunogenicidad. Muchas sustancias de importancia biológica como fármacos, hormonas peptídicas y hormonas esteroideas tienen la propiedad de poder actuar como haptenos.
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